Современный комплекс Комменда ди Сан Джовани ди Пре был построен в 1180 году. ранее на этом месте стояла церковь, постройка которой датирована 636 годом. В те далекие времена эта церковь выступала в качестве хосписа для паломников. Но в 1180 году ее заменила комменда. Своим появлением она обязана брату Гильермо.